Paradigma baru sistem penyelenggaraan pemerintahan, pelaksanaan pembangunan dan pelayanan kepada masyarakat dalam kerangka otonomi daerah telah menimbulkan perubahan yang signifikan terhadap tugas dan fungsi Pemerintah Provinsi Maluku di bidang Penanaman Modal.

Menyikapi hal tersebut, Pemerintah Provinsi Maluku besama-sama dengan DPRD Provinsi Maluku telah menetapkan Peraturan Daerah Nomor 02 tahun 2001 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga-Lembaga Teknis Daerah Provinsi Maluku.
Pada pasal 24 dan 25 Peraturan Daerah tersebut ditetapkan bahwa Badan Koordinasi Penanaman Modal Provinsi Maluku mempunyai tugas membantu Gubernur Maluku dalam penyelenggaraan pemerintah di bidang penanaman modal dengan fungsi :

a.  Perumusan kebijakan teknis di bidang Penanaman Modal Daerah.
b. Pelayanan    penunjang penyelenggaraan pemerintahanp provinsi di      bidang Penanaman Modal Daerah.
c. Pelaksanaan   tugas     lain sesuai kebijakan yang ditetapkan oleh      Gubernur di bidang Penanaman Modal Daerah.